将军衙署设于城内中心鼓楼西侧。按一品封疆大吏规格建造,砖木构制,占地面积约三万平方米,共有一百三十二间房屋。清代曾有七十八位将军在此任职,是管辖绥远城驻防八旗、归化城土默特旗,乌兰察布盟、伊克昭盟和节制宣化和大同绿旗兵事务的机构。
民国三年(1914年)改将军为都统,随之将军衙署改为“都统公署”。
民国十七年(1928年),将军衙署为“临时区政府”占用。
民国十八年(1929年)设置绥远省,将军衙署改牌绥远省政府。
1937年10月,在日本帝国主义扶持下,由德王拼凑的伪“蒙古联盟自治政府”的军队占据绥远,后又为伪“蒙疆联合政府”所占据。
1945年后,绥远省政府再次迁回衙署。
解放后,绥远将军衙署为绥远省人民政府并内蒙古人民政府办公地,乌兰夫兼两府主席。
1985年,将军衙署被内蒙古自治区人民政府公布为内蒙古自治区第二批重点文物保护单位,并将此处古建筑群交由内蒙古文化厅管理。
1992年,成立保护机构内蒙古自治区书画院暨内蒙古清·将军衙署博物院。
2003年6月30日,将军衙署博物院对外正式向社会开放。
2006年5月25日,将军衙署被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
建筑风格严谨对称,在衙署内,相应地建有隔墙与通道,民国初年,第二任绥远省政府主席李培基曾在东跨院建一“澄园”。门前有高大的影壁,上有“屏藩朔漠”
匾额,门侧立石狮一对,大门内厅堂凡三进,前为公廨,后为内宅。自大门进入须经过仪门,仪门凡三门,中门形同过殿但不常开,平常出入经由两旁门。仪门正北
为大厅,为议事决策中心;东西各建有庑堂和厢房,为官吏办公场所。
第二进正中建有宅第门房三间,东西各建厢房三间,同是官吏的办公场所;第三进为将军宅
第,建在正中高台基上,东西两侧各建配房三间。宅第与配房间并建有走廊相通。在大厅东面建有花园,园内建有亭榭;东南隅建有马号;大厅西南面建有更房,为
卫戍官兵住所。衙署经多次修缮,面目全非,近年开始修整,尽可能按原有制度复原,接待游人观光。
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